Peter Gomez nasce da Filippo Gomez Homen, manager pubblicitario, e Fabricia Fossati a New York, città in cui si trovavano per ragioni di lavoro. Dopo gli studi elementari a Firenze trascorre la giovinezza a Verona, dove frequenta il liceo scientifico Messedaglia, quindi la facoltà di giurisprudenza e al contempo una scuola di giornalismo. Abbandonati gli studi universitari a cinque esami dalla laurea, nel 1984 inizia a lavorare al quotidiano veronese L’Arena.

Trasferitosi a Milano nel 1986, approda a il Giornale per poi seguire il fondatore Indro Montanelli a La Voce lungo tutti i tredici mesi di vita di quel quotidiano (1994-1995).

Dal 1996 a 2009 è inviato de L’Espresso, dove si occupa di tutti i più importanti casi di corruzione politica e giudiziaria, nonché di mafia, e contestualmente anche collaboratore di MicroMega. Segue tutti i principali scandali politici italiani, tra cui: Tangentopoli, le stragi di mafia del 1992-93, i rapporti tra Silvio Berlusconi e Cosa nostra, oggetto di molti suoi libri d’indagine. Autore di decine di scoop e di una quindicina di saggi, passa alla cronaca giudiziaria al giornalismo investigativo. I suoi saggi, molti dei quali scritti assieme a Marco Travaglio, rientrano nelle classifiche dei libri più venduti.

Nel 2009, lasciato L’Espresso, è tra i fondatori de il Fatto Quotidiano, del quale dall’inizio dirige la versione online tenendovi anche un proprio blog. Dal 2017 dirige anche la rivista FQ Millennium.